形成阴茎短小的原因是多种多样的，有先天的因素，也有后天的因素，遗传的影响较为，常见原因如下：

    (1)在母体怀孕期间因药施用不当，影响雄性激素的分泌，先天不足；

    (2)缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良；

    (3)青少年发育期间，营养不足，起不到壮大性器官的作用；

    (4)内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能凸出，有部分内缩于腹内；

    (5)性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小；

    (6)患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足；

    (7)包皮过长，缺乏生长的必要空间，阴碍阴茎的发育生长。阴茎勃起在13-17公分属正常，短于9公分则属短小。